分别隶属于两个敌对国家「科维斯」和「安格努斯」的6位少年少女，即将展开一场以「生命」为主轴的故事。故事的舞台「艾欧尼翁」有着壮阔的自然环境、巨大的原生生物，以及用来当作军队据点的巨型移动兵器「铁巨神」。这是一个全新的故事，连结了《异度神剑》与《异度神剑2》两个世界的未来。